Если настройка кодировки в /etc/samba/smb.conf не помогает, то чтобы нормально отображалась кодировка на виндовых шарах в Konqueror, создаём файл smb.conf.append в /home/[user]/.smb/
Там прописываем:
[global]
dos charset = CP866
display charset = UTF-8
unix charset = UTF-8
P.S. Это я для себя, чтобы всегда под рукой было.